在伊那国岛有一群热爱足球的中学生，因为伊那国中学的校长觉得伊那国岛无法继续追随足球的热潮加上毫无经费请赞助商，从而废止足球部。突然有个神秘赞助商表示，要是他们转入雷门并且赢过一场的话，就给伊那国提供赞助。主人公们认为这是他们最后的机会。为了证明他们对足球的热忱，决定前往东京入读雷门中学参加比赛。

时间线坐落在第一部作品后的平行世界。雷门中学足球队在Football Frontier大赛中取得优胜，外星学园并未出现及袭击雷门中学，闪电日本队于Football Frontier International世界大赛惨败，雷门Football Frontier大赛的夺冠成员全员以强化委员之名义，被分散到各地的国中，强化总体实力，此平行世界的中学足球队必须有赞助商才能运营足球队。之后，在伊那国岛有一群热爱足球的中学生，因为伊那国中学的校长觉得伊那国岛无法继续追随足球的热潮加上毫无经费请赞助商，从而废止足球部。突然有个神秘赞助商表示，要是他们转入雷门并且赢过一场的话，就提供伊那国赞助。主人公们认为